Contenuto

• Panoramica del software
• Tipi di file supportati
• Estensione del file primario
• Altre estensioni di file utilizzate da Integrated Genome Browser 9

Versione (dal 29/06/2016)	9
piattaforme
Licenza	Open Source
Categoria	Scientifico

Ulteriori informazioni (visita il sito Web del publisher)

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Panoramica del software

Caratteristiche principali

• Supporta vari formati di genoma come GenBank e FASTA
• Interagisci con i dati con le animazioni di zoom e panoramica
• Accedi e carica genomi dai siti QuickLoad
• Trasforma i dati in varie forme di grafici
• Condividi i dati con i collaboratori tramite Dropbox
• Installa i plugin per funzionalità aggiuntive

Integrated Genome Browser (IGB) è un programma open source utilizzato per visualizzare ed esplorare ampi set di dati genomici. Puoi visualizzare vari formati di dati, interagire con i tuoi dati, creare grafici, salvare le tue informazioni come immagini e condividere i tuoi dati con i collaboratori.

IGB consente di visualizzare i dati da annotazioni e sequenze allineate. Il programma supporta una varietà di formati come FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband e GenBank. Puoi prendere i dati e trasformarli in una varietà di forme di grafici, compresi i grafici di disallineamento per evidenziare le differenze di dati e i grafici di profondità per mostrare la copertura. Puoi anche interagire con i tuoi dati tramite le animazioni di zoom e panning di IGB.

IGB consente di accedere e caricare i genomi dai siti QuickLoad, che sono semplici sistemi di directory, sequenze e altri file di dati per scopi di visualizzazione. IGB offre funzionalità avanzate con supporto per plugin per aggiungere funzionalità e automazione del flusso di lavoro attraverso l'uso di script. Inoltre, IGB offre funzionalità avanzate per la condivisione dei dati, sia che vengano pubblicate come immagini JPEG, PNG o SVG di alta qualità o che memorizzino dati in Dropbox per consentire ai tuoi collaboratori di accedere al tuo progetto.

L'IGB viene utilizzato principalmente da ricercatori universitari, biologi e bioinformatici. Fornisce strumenti avanzati per l'apertura di una varietà di formati di dati sul genoma, visualizzazione di dati come grafici diversi e condivisione di dati con i collaboratori. Sfortunatamente, il programma si basa su sovvenzioni per lo sviluppo continuo, il che significa che il supporto per l'applicazione potrebbe cessare in qualsiasi momento. Tuttavia, Integrated Genome Browser è ancora un programma capace e personalizzabile per gli utenti che desiderano esplorare e analizzare i loro dati sul genoma.

Tipi di file supportati

Estensione del file primario

.XML - File XML

Altre estensioni di file utilizzate da Integrated Genome Browser 9

Tipi di file supportati
.LETTO	File di traccia di annotazione BED UCSC
.DAS	Sessione di analisi DeltaMaster
.FA	File di sequenza formattato FASTA
.FAS	FASTA File di sequenze
.FASTA	FASTA File di sequenze
..gb	GenBank Data File
.SGR	SGR Genome Data File
.USEQ	USeq Genome Data File